在忽必烈的晚年，他最钟爱的妻子察必在1281的去世使忽必烈陷入孤独和痛苦之中。察必所生的儿子真金早已被立为皇太子,察必还是忽必烈妻子当中唯一在太庙中立有牌位的女人。在忽必烈统治初期，察必是一位不可或缺的助手。也许是纯粹的巧合，但是不可否认，在她死后，忽必烈个人，乃至整个中国都遭受了一系列的激烈变故。察必或许不能防止这些灾难的发生，但是她也许能够发挥自己的影响力，遏制忽必烈当时做出的一些稀奇古怪的决定。
      南必在察必去世后成为忽必烈的正妻,她是察必的一个远房亲戚。据说，在忽必烈日渐衰老的时候，南必曾自己做出重要的政治决定。可能因为对察必和其他亲属去世感到忧伤和失望，忽必烈晚年很少见人，他的朝臣不得不通过南必向他呈送报告，而她则把忽必烈的决定和命令转告给他们。
      察必的儿子真金被选定为忽必烈的继承人，察必无疑是忽必烈最钟爱的妻子，她的去世和皇太子真金在1285年的英年早逝，不仅令忽必烈心碎，而且破坏了他的皇位继承计划。察必的突出地位可以由下列事实证实：在忽必烈所有妻子中，只有她的画像留存了下来，这幅画像是由汉人和蒙古画家联合绘制的。这无疑部分解释了为什么忽必烈晚年在决策方面会反复无常，那是因为他对察必的去世感到深深失望。
      同样使他感到悲哀的还有他最喜爱的儿子真金的去世。真金是他亲自选定的继承人，他曾精心培养他，以便将来承担大汗和中国皇帝的重任。真金的老师由当时一些最着名的人物担任，他所学习的科目从中国历史到佛教，无所不包，这一切使他完全有能力承担统治帝国的重任。然而他刚过四十岁便去世了，这场变故使忽必烈心灰意冷，并使整个朝廷充满阴郁的气氛。真金的儿子铁穆耳后来被选定为忽必烈的继承人，并于1294年成为中国皇帝，号成宗。
      个人的不幸加上国内外决策的失败，使忽必烈感到沉重的压力，也使他越来越转向穷奢极欲，寻求安慰和满足。宫廷宴会变得越来越奢华。蒙古可汗历来都酗酒，而此时忽必烈也养成了这种恶习。他暴饮忽迷思和葡萄酒，使他更无法解决面对的政治危机。
      他的饮食习惯也造成了健康问题。在他最后十年的生活中，他一直被肥胖病和由此带来的其他疾病所困扰。1280年刘贯道为他画的像已经显露出他的肥胖体态，但在13世纪80年代末，他的饮食习惯真正使他陷入了麻烦。他胖得不成样子，并开始遭受痛风和其他疾病的折磨。他的酗酒习惯更加重了他的身体疾病。马可·波罗是曾亲眼目睹蒙古宫廷无节制宴饮场面的人之一。忽必烈和其他许多蒙古人一样，无法节制他的酗酒习惯，特别是当他被悲痛和衰老控制的时候，更是如此。他用了各种各样的方法治疗他的病症，从东南亚的药物和医生到高丽巫师，什么都用过了，但是都没有解决问题，而他暴食暴饮的习惯依然如故。
      衰老、倦怠、失望和酗酒无度终于敲响了他的丧钟。汉文资料显示，早在1294年以前，他就极为沮丧消沉。他甚至拒绝接见那些按惯例来向大汗拜年的人们。他的军中老友伯颜到元廷拜访他，希望使他振作起来，但是没有成功。忽必烈的健康状况迅速恶化，在他八十岁那年的2月18日，他死在他宫中的紫檀殿。